Trong thời cai trị của Giáo hoàng Miltiades cũng xảy ra cuộc khủng hoảng của giáo hội Phi châu. Năm 311, Giám mục Mensurius thành Carthago qua đời. Dưới sự chỉ huy của Donatus, người được đồng đảng bầu là giáo chủ Carthago và tự xưng là Donatus Cả đã chống đối Cecilianus – người kế vị Giám mục Mensurius. Nhóm chống đối không những tố cáo đời sống quá khứ của Cecilianus mà còn chỉ trích đức Giám mục Felix thành Aptongo. Một tòa án gồm các Giám mục Gaulois và Ý đã hội nhau ở điện Latran dưới quyền chủ tọa của Giáo hoàng Miltiades vào tháng 10 năm 313. Sau ba ngày thảo luận đã quyết định những lời tố Cecilianus và Felix là vô căn cứ, cuộc bầu củ Giám mục của Carthago là hợp lệ và Donatus đã bị kết án như một người theo dị giáo. Một hội đồng Giám mục Tây phương họp ở Arles vào năm 314 nhưng Miltiades đã mất trước khi nó được diễn ra.

Theo truyền thống thì bánh thánh có từ thời kỳ này. Ông cũng là người đã thực hiện việc đưa hài cốt của Giáo hoàng Eusebius, vị tiền nhiệm từ Sicili về Rô-ma.

Ông đã được suy tôn là thánh, cho tới thế kỷ XIII, ngày lễ kính của Thánh Melchiades đã bị nhầm lẫn với việc "tử vì đạo" và được tổ chức vào ngày 10 tháng 12 trong lịch Roma. Vào năm 1969, nó đã được gỡ bỏ khỏi lịch các ngày lễ và ngày lễ kính của ông được chuyển đến ngày 10 tháng 1 với tên "Miltiades" nhưng không kèm "tử vì đạo".